温州大学三垟湿地生态环境研究院是由温州大学和温州生态园管委会共同设立的具有事业单位性质的独立法人机构，实行理事会领导下的院长负责制。

研究院以努力建成浙江三垟湿地生态系统国家野外科学观测研究站为长期目标，统筹布局院士工作站等建设，促进研究院的协同创新。以三垟湿地生态系统健康维护和生物多样性保护为核心，组建湿地科学研究团队，切实解决三垟湿地生态保护与科学修复中的技术难点，为温州湿地生态系统保护和城市生态文明建设提供智力支持和科技支撑，取得良好的生态效益和社会效益，加快推进温州国际湿地城市创建，努力建成具有一定国际影响力的湿地科学研究中心、人才培养基地和生态建设科技高地。